پژوهشکده علوم پایه مجموعه ای ماموریت محور متشکل از حداقل سه مرکز تحقیقاتی است که دارای اهداف و ماموریت مشترکی در زمینه کاربرد علوم پایه می باشد. این مراکز، فعالیت های پژوهشی خود را به صورت انسجام یافته در راستای سیاست های کلی پژوهشکده به انجام رسانده و در ساختار تشکیلاتی آن جای دارند.
پژوهشکده علوم پایه دانشگاه علوم پزشکی کاشان دارای سه مرکز تحقیقاتی تحت پوشش به شرح زیر میباشد:
